Caractéristiques de déformation (microbien), identification, isolement

Ongle Déformation microbienne C'est l'ensemble des descendants d'un seul microbien isolé, qui est cultivé dans un milieu pur et se compose généralement d'une succession d'organismes qui dérivent de la même colonie initiale.

Une souche représente également un ensemble d'individus d'une population d'une espèce microbienne qui partage certaines caractéristiques phénotypiques et / ou génotypiques qui la différencient légèrement des autres des mêmes espèces, mais dont les différences ne suffisent pas pour les classer comme différentes espèces.

Photographie d'une plaque de Pétri avec un milieu de culture solide additionné d'antibiotiques où les microbes résistants se développent (source: microrao / cc by-sa (https: // createVecommons.Org / licences / by-sa / 4.0) via Wikimedia Commons)

La souche est la «base» de toute étude microbiologique, car elle garantit aux scientifiques que les paramètres et les caractéristiques qui sont étudiés sur une sorte de microbe ne sont spécifiques qu'à cette espèce. De plus, cela leur permet de s'assurer, en quelque sorte, la reproductibilité des enquêtes.

Par exemple, pour les études taxonomiques en microbiologie, le premier objectif est d'obtenir «la souche» de l'organisme qui est souhaité d'une population d'un type de tout autre type de microbe.

La souche vous permet de garder une sorte de microbe en vie et isolé In vitro Pendant de longues périodes, c'est-à-dire loin de son environnement naturel. Vous pouvez obtenir des souches de nombreux micro-organismes différents, tels que les bactéries, les champignons, les virus, les protozoaires, les algues, entre autres.

Pour le maintien des souches, ceux-ci doivent être maintenus en isolement strict, ce qui évite que la souche soit en contact avec tout agent polluant tel que les spores fongiques ou tout agent de micro-organismes externes.

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Caractéristiques des souches

Toutes les souches, quel que soit le type de micro-organisme (les espèces) qu'ils représentent, doivent remplir certains paramètres de base, parmi lesquels sont:

- Ils doivent être des lignes génétiques stables ou avoir une fidélité génétique élevée

Il est important que tous les individus qui restent dans le milieu de culture soient aussi proches que possible parmi eux, génétiquement parlant. C'est-à-dire que tous dérivent du même individu ou, du moins, de la même population.

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- Ils doivent être faciles à entretenir ou à cultiver

Les individus appartenant à une tension doivent être faciles à garder dans un environnement In vitro. En d'autres termes, tous les microbes ne peuvent pas s'isoler de leur environnement naturel. Si ceux-ci sont difficiles à cultiver dans des médias externes, leur biologie peut être facilement modifiée avec un minimum de changements dans l'environnement dans lequel ils restent isolés en laboratoire.

- Ils ont besoin d'avoir une croissance et un développement rapides dans des conditions optimales

Si les microbes isolés ne se développent pas rapidement dans le milieu de culture qui est utilisé à cette fin, ceux-ci peuvent être difficiles à préserver pour leur étude, car ils peuvent épuiser les nutriments dans leur environnement, changer la phase ou compromettre leur survie dans ces conditions dans ces conditions conditions.

- Ils doivent présenter des caractéristiques et des paramètres définis

Une souche de micro-organisme isolée doit avoir des caractéristiques communes qui la relie. Ces caractéristiques doivent être constantes dans le temps.

- Manipulation facile

En général, les souches utilisées dans les enquêtes de routine ne nécessitent pas d'outils ou de protocoles trop rigoureux ou compliqués. Cela garantit que les étudiants et les nouveaux chercheurs peuvent maintenir la continuité des études au fil du temps.

IDENTIFIANT

Identification moléculaire

Il existe différentes méthodes pour identifier une souche fraîchement isolée. Cependant, actuellement la technique la plus précise, rapide et simple pour déterminer l'identité de presque toutes les espèces est l'analyse de quelques régions des séquences génétiques qui composent le génome de l'individu.

Habituellement, ces analyses sont effectuées en amplifiant des régions d'ADN spécifiques avec la technique de PCR (réaction en chaîne par polymérase). Ces techniques varient selon le bord, la famille et le type de micro-organisme dont vous voulez connaître l'identité. En général, ces régions sont:

- Les régions qui codent pour les ribosomales arns

- Les gènes qui codent pour les sous-unités protéiques qui participent à la respiration (surtout si l'organisme est aérobie)

- La région génétique qui code pour les microfilaments d'actine (une partie du cytosquelette)

- Certaines régions génétiques de chloroplastes ou de sous-unités protéiques qui participent à la photosynthèse (pour certaines algues et cyanobactéries et pour toutes les plantes)

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Une fois que ces fragments de génome ont été amplifiés avec succès, ils sont séquencés pour connaître l'ordre des nucléotides qui composent ces régions du génome. Cela se fait via les techniques NGS (anglais Séquençage de prochaine génération) Avec des équipes spécialisées appelées séquenceurs.

Les régions séquencées sont comparées aux séquences des micro-organismes de ce type déjà rapportées ci-dessus, ce qui est possible en utilisant, par exemple, la base de données déposée sur le site Web de Genbank (https: // www.NCBI.NLM.NIH.Gov / Genbank /).

Identification morphologique

Dans les laboratoires qui n'ont pas d'outils de biologie moléculaire pour analyser les caractéristiques génétiques que d'autres paramètres phénotypiques sont utilisés pour l'identification des souches de nombreux micro-organismes. Encore une fois, les caractéristiques phénotypiques qui sont étudiées varient en fonction de l'organisme, du bord, de la famille et des espèces qui sont considérées. Parmi ces paramètres sont étudiés:

- Les caractéristiques morphologiques du microbe dans le milieu de culture. Des traits tels que: couleur, forme, texture, type de croissance, entre autres aspects.

- Analyse des produits métaboliques à l'aide d'outils biochimiques. La production de métabolites secondaires, des composés chimiques excrétés, entre autres, est étudié.

- Caractérisation des protéines et cristallisation. Les protéines internes des micro-organismes sont extraites et étudiées indépendamment.

La chose typique dans les études microbiologiques est d'effectuer la caractérisation des souches avec les deux types d'identification, c'est-à-dire à la fois par des observations morphologiques et une analyse moléculaire.

Isolation de tension

L'isolation des souches implique plusieurs techniques qui sont également utilisées pour séparer une sorte de microbe d'un autre. La capacité d'isoler la tension d'une sorte d'intérêt est essentielle pour déterminer exactement les caractéristiques qui la définissent.

La plupart des techniques d'isolement des souches ont été créées au cours du XIXe siècle par les parents du Louis Pasteur et Robert Koch Microbiology. Les deux ont eu du mal de manière obsessionnelle pour obtenir des cultures de cellules pures (souches) des micro-organismes qu'ils ont étudiés.

Source: senebrinka / cc by (https: // CreativeCommons.Org / licences / par / 4.0) via Wikimedia Commons

Pour obtenir ces cultures cellulaires, ils ont exploré une grande diversité de techniques et d'outils, de l'utilisation de bâtons stériles aux variations de la composition des milieux de culture où les microbes qu'ils ont étudiés se préparaient à grandir.

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Techniques d'isolation de déformation

À l'heure actuelle, toutes les techniques développées et utilisées par ces chercheurs et d'autres plus modernes dans 6 types différents, qui sont:

- Rayado, rayures ou rayures: En utilisant un instrument fin et pointu, l'endroit où se trouve le micro-organisme (spécial pour la culture des cultures est située In vitro en milieu solide). Avec l'extrême avec lequel un micro-organisme rayé a été touché, un moyen solide stérile riche en nutriments.

- Immersion ou fusion au milieu: Un petit échantillon de microbes est prélevé (il peut être comme celui prélevé dans la technique précédente) et placé à l'intérieur du milieu de croissance à l'état liquide, de l'agar est ajoutée pour se solidifier et il devrait refroidir. Les colonies ne seront observées que lorsque le micro-organisme sera très développé.

- Dilutions en série: Un échantillon de l'endroit d'origine à partir de laquelle l'espèce a été diluée se forme consécutive dans un milieu stérile exempt d'autres micro-organismes. Les dilutions sont "semis" dans des médias solides et les colonies devraient apparaître.

- Médias culturels exclusifs: Ce sont des moyens de culture qui permettent la croissance du type de microbe d'intérêt; c'est-à-dire qu'il a des composants ou des nutriments qui ne permettent que la croissance de la souche que vous souhaitez isoler.

- Séparation manuelle ou mécanique: Un petit échantillon du microbe qui est souhaité isoler est placé et à travers un microscope, un seul individu de l'espèce du reste des individus qui l'entoure est essayé de se séparer.

Certaines de ces techniques sont plus faciles à utiliser que d'autres. Cependant, les chercheurs les utilisent selon les caractéristiques biologiques de l'espèce d'étude.

Les références

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